|
|
Optimization of CRISPR/Cas9 technique for the Ixodes ticks genome editing
KITZBERGER, Daniel
CRISPR/Cas9 technique was used for genome editing of several arthropod species, but it has not yet been used on Ixodes spp. tick species. Therefore, in my work, I performed a bioinformatic analysis of the I. ricinus transcriptome and I. scapularis genome to reveal the sequence of the target gene for the CRISPR/Cas9-mediated knock-out. We prepared single guide RNA and mixed it with the Cas9 endonuclease to produce the Ribonucleoprotein complex and cleave the target sequence of the I. ricinus gene beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase.
|
|
|
CRISPR/Cas9 Genome editing in Pyrrhocoris apterus
BERTOLUTTI, Maly
The CRISPR/Cas9 technology is a cutting edge method to genetically modify specific targets in the genome, which allows to create mutants in non-model organisms. The aim of this project was to genetically modify the Pyrrhocoris apterus genomic sequence of the cryptochrome2 gene using the CRISPR/Cas9 technology. Specifically, this project aimed to create a mutant with removed or modified C-terminal part of the CRY2 protein, which should later allow for studying the role of this sequence in CRY2 function.
|
|
|
Genome editing using programmable endonucleases
Hanečková, Radmila ; Sedláček, Radislav (vedoucí práce) ; Sýkora, Michal (oponent)
Programovatelné endonukleázy jsou proteiny schopné rozpoznat specifické sekvence nukleotidů a následně v rozpoznané sekvenci štěpit obě vlákna DNA. Zinc-finger nukleázy jsou široce využívaným nástrojem v genomové editaci, metodě zavádění změn do genomů buněčných liní nebo celých organismů za účelem studia funkce genů. Nedávno se objevily nové typy programovatelných endonukleáz v podobě transcription activator-like effector (TALE) nukleáz a CRISPR/Cas systému. Tyto systémy se od sebe liší z pohledu mechanizmu funkce, dostupnosti, selektivity, frekvence off- targetů a cytotoxicity. V této práci zinc-finger nukleázy, TALE nukleázy a CRISPR/Cas systém porovnáváme a zkoumáme jejich aktuální a možné budoucí využití v široké oblasti výzkumu, který sahá od vývoje geneticky modifikovaných organismů až po genovou terapii. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Creating a biosensor for miRNA effector complex formation using CRISPR nucleases
Petržílek, Jan ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Petr, Jaroslav (oponent)
miRNA jsou malé regulující RNA, které fungují jako posttranskipční regulátory mRNA. miRNA navigují ribonukleoproteinové komplexy na mRNA a umlčují je inhibicí translace a degradací. V savcích miRNA regulují tisíce různých mRNA a byly rozeznány jako regulující faktory ve většině buněčných a vývojových procesech. Poruchy v regulaci miRNA dráhy mouhou vézt k závažným defektům a nemocem. V myších oocytech existuje unikátní situace, kdy všechny komponenty miRNA dráhy jsou přítomny, ale přesto je ona dráha zbytná a nefunkční. Molekulární podstata tohoto fenoménu a jeho významu zůstává stále nejasná. I přes rozsáhlý účinek miRNA dráhy na genovou regulaci v somatických buňkách, strategie jak tuto dráhu studovat jsou limitované. Současné metody pro studium miRNA dráhy používají korelativní studie (jako například sekvenování nevé generace) nebo využívají reporterových systémů, které studují pouze relativně malé množství molekul v daném čase a jsou náchylné k artefaktům. V této práci prezentuji návrh a vývoj nové strategie pro přímé monitorování aktivity a integrity miRNA dráhy v živých buňkách za podmínek blízkých fyziologickým podmínkám. Tato strategie by mohla být použita in vivo pro studie myších oocytů. Tato strategie je založena na endogeně fluorescenčně značených proteinech ribonukleového komplexu AGO2...
|
|
|
Využití genomové editace k tvorbě velkých zvířecích modelů
Dvořáková, Nikola ; Ellederová, Zdeňka (vedoucí práce) ; Kašpárek, Petr (oponent)
Principem genového inženýrství je zásah do DNA studovaného organismu. Po objevu programovaných endonukleáz došlo k velké expanzi této techniky a otevřely se možnosti pro tvorbu velkých zvířecích modelů, které bylo donedávna velice obtížné vytvořit. Mezi tyto endonukleázy patří zinc finger nuclease (ZFN), transcription aktivátor like effector nuclease (TALEN) a CRISPR/Cas9, ve kterém se dnes skrývá velký potenciál pro tvorbu velkých zvířecích modelů. Všechny endonukleázy vytváří místně specifický sestřih v požadovaném úseku genomu. Tento sestřih se nejsnadněji opraví pomocí připojení nehomologních konců (NHEJ), a tak lze vytvořit tzv. knock-out (KO) model. Druhým typem opravy je homologní rekombinace (HR) využívající DNA templát s homologními rameny. Pomocí toho lze vytvořit knock-in (KI) model, který bez specifických endonukleáz nebylo možné u velkých zvířecích modelů vytvořit díky nízké přirozené HR. Tato práce shrnuje historii, techniku a využití programovaných endonukleáz pro tvorbu velkých zvířecích modelů. Tyto modely mají velké využití v biomedicíně, jsou nezbytnou součástí preklinického výzkumu, ale jsou také významné v zemědělství, a dokonce i v ochraně prostředí. Klíčová slova: velký zvířecí model, transgeneze, genomová editace, CRISPR/Cas9, TALEN, ZNF
|
|
|
Genome editing using programmable endonucleases
Hanečková, Radmila ; Sedláček, Radislav (vedoucí práce) ; Sýkora, Michal (oponent)
Programovatelné endonukleázy jsou proteiny schopné rozpoznat specifické sekvence nukleotidů a následně v rozpoznané sekvenci štěpit obě vlákna DNA. Zinc-finger nukleázy jsou široce využívaným nástrojem v genomové editaci, metodě zavádění změn do genomů buněčných liní nebo celých organismů za účelem studia funkce genů. Nedávno se objevily nové typy programovatelných endonukleáz v podobě transcription activator-like effector (TALE) nukleáz a CRISPR/Cas systému. Tyto systémy se od sebe liší z pohledu mechanizmu funkce, dostupnosti, selektivity, frekvence off- targetů a cytotoxicity. V této práci zinc-finger nukleázy, TALE nukleázy a CRISPR/Cas systém porovnáváme a zkoumáme jejich aktuální a možné budoucí využití v široké oblasti výzkumu, který sahá od vývoje geneticky modifikovaných organismů až po genovou terapii. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
host ::
RSS.